农学院联合中国农科院植保所构建国际首个双生病毒-植物-昆虫数据库

时间:2023-03-03浏览:430

2月21日,周雪平教授团队和李飞教授团队在植物双生病毒(Geminiviridae)数据库建设方面取得的最新研究成果“GPIBase: A comprehensive resource for geminivirus-plant-insect research”在线发表于 Molecular PlantIF5y=19.617。通过广泛整合已有的植物双生病毒信息,研究团队构建了国际上首个植物双生病毒数据库GPIBase(Geminiviridae-Plant-Insect Database),该数据库提供了最完整的双生病毒遗传信息、病毒宿主信息、病毒媒介信息、病毒-植物-昆虫互作信息以及多种在线工具,可实现相关文献同步更新,并初步搭建了国际双生病毒研究人员社区。

 

1. GPIBase主页(http://gpi.geminiviridae.com/)

双生病毒科病毒(Geminiviridae)是全球范围内危害植物最严重的病原物之一,也是植物病毒中唯一具有孪生颗粒形态的单链环状DNA病毒,为双连体结构。双生病毒记录超500种,可通过烟粉虱、叶蝉和蚜虫等传播,侵染多种重要经济作物,如棉花、番茄、烟草、木薯及各类瓜果等,在全世界农作物上引起严重病害,造成重大经济损失。

GPIBase共包括五大主要模块:1)“Browse”:包括双生病毒、病毒宿主、病毒寄主以及病毒伴随卫星β信息的完整搜索与下载,同时详情界面提供了全面的基础与遗传信息;2)“Network”:将病毒-植物-昆虫的互作关系通过网络结构进行可视化,直观分析不同病毒、宿主和寄主的关系;3)“Phylogeny”:基于双生病毒全基因组序列比对,构建了目前最为全面的双生病毒科的系统发育关系;4)“Tools”:提供了BLAST功能进行病毒基因蛋白的比对与搜索;5)“Literature”:及时更新双生病毒相关的研究进展,同时通过分析双生病毒文献作者,初步构建了国际双生病毒研究人员社区。本研究构建了国际首个双生病毒数据库,包含完备的病毒-植物-昆虫互作信息,为双生病毒的后续研究提供了便捷和重要基础。

浙江大学农学院为第一作者单位。浙江大学王亚琴高级实验师、博士生梅洋为论文第一作者,周雪平教授与李飞教授为论文共同通讯作者,博士生苏晨露博士后胡涛和浙大农学院植保系本科生王作奇参与了本项目的研究,浙江大学刘树生教授、中国农科院植保所李方方研究员及湖州师范学院王占旗副教授对本研究提供了大力支持,本研究得到国家自然科学基金重点项目及国家重点研发计划青年科学家项目的资助。

 

2. GPIBase数据主要模块与框架

 

数据库网址:http://gpi.geminiviridae.com/

论文链接https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205223000400